6．本因坊之战，向死而生
本因坊家是日本四大围棋世家之首，甚至说它是日本围棋的核心也毫不夸张。自江户时代的本因坊一世，被织田信长赐封为日本围棋史上首位名人开始，一直到二十一世本因坊秀哉为止，本因坊家统治了日本棋界三百年之久。不仅如此，日本古代围棋史上的十位名人中，只本因坊一家就独占了七位。而彼时的围棋升段规则十分严苛，每一位高段位者的实力都是毋庸质疑的，由此可见本因坊家的实力强大以及其在日本棋界所占的重要地位。
1938年，二十一世本因坊秀哉名人，作为当时仅存的一位名人，自感年事已高，不能再引导后辈前进，于是选择了引退，并举办了一场引退棋赛，当时他的对手是七段棋手木谷实。同时因为秀哉在本家内一时难以找出实力超群者继任“本因坊”这个日本最强的名号，又恐怕祖宗流传下来的英名在他手中没落，使得日本最强的称号落在其他三大世家头上，而且通过与吴清源、木谷实对弈使他认识到，应该让实力来决定谁有资格代表“本因坊”，代表日本最强。因此决定将“本因坊”的名位传让给日本棋院，此举也算是打破了四大围棋世家统领日本棋界的传统格局，为日本围棋注入了一股新的活力。
日本棋院得知这一消息，简直是受宠若惊，这意味着四大围棋世家从此走下了神坛，根深蒂固的名号制度出现了松动，这对那些没有依附的普通棋手和各大棋社来说是一个千载难逢的机遇。因此在得到本因坊名位的传让之后，日本棋院迫不及待地与每日新闻社组织了一场“本因坊名迹争夺全日本职业棋士选手权战”，简称“本因坊战”。
两家决定本因坊的名位每两年变更一次，也就是说，本因坊战每两年举办一次，每期获胜者在拥有名位两年后，要接受新一期的获胜者的挑战，胜者为新一期的“本因坊”，这样的赛制开辟了名衔战的先河。规则方面，考虑到本因坊对棋士们的吸引力，不再设置段位要求，正因为如此，无论段位高低，均采用分先的规则开局；同样是考虑到棋士的水平有高有低，所以减低难度采用贴目制来维持公平。因为本因坊战是一场开放的比赛，无论是什么段位都可以参加，当然有自知之明者都会考虑到自己的实力问题，本因坊的名位本身就是一道海选的门槛。所以这两项规定，实际上是本因坊战继开创名衔战之后，又一系列划时代的新事物。尽管如此，高段位者相遇还是产生段位差，而在当时棋士们看来跟比自己段位低的人以分先对局是一种侮辱，而且有相当一部分人还没有接受贴目制度，所以这个提议一经提出便陷入了舆论的漩涡。幸好在一众有心者的调和斡旋下，酝酿许久的本因坊战免去了夭折的磨难，顺利地如期开赛了。
第一期本因坊战是在1939年开始的，当时吴清源正在与木谷实进行十番棋的对局，两场比赛几乎是同时进行的。第一期的规则是，由低段者阵容中开始选拔赛，出线者可以与高段者对局，再决出八名挑战者候补；然后在这八名挑战者候补中反复进行四次淘汰赛，淘汰赛的获胜者获得五积分，余下的人积分依次递减，四次淘汰赛后总积分排名第一、第二位的两名棋手进行六盘决胜棋，胜者就是第一期本因坊。所以说本因坊战是一场只看实力的比赛，无论段位高低，有实力的就可以成为本因坊，这也正好契合了秀哉的遗愿。
因为在与木谷实进行十番棋的缘故，吴清源在本因坊战的赛场上显得有些力不从心，虽然平稳地进入了八名挑战者候补，但是在淘汰赛环节，仅有一回取胜，甚至有两回是初战即溃，因此积分成绩并不理想，所以即使吴清源的胜率很高，但根据大赛规则，他只能排在第三位，只差一步就被关在了决胜局的门外，与第一期本因坊失之交臂了。事实上，没有进入决胜局的吴清源是幸运的，毕竟当时他还要专心应对来自木谷实的十番棋挑战。本因坊战每两年一期，说起来缺席一期根本无足轻重，而十番棋则是关乎棋士荣誉的生死之战，所以无缘本因坊之战，正好可以有充足的时间应对十番棋。
木谷实也是因为同样的原因，没有能挺进决胜局，于是第一期的决胜局在六段棋手关山利一和七段棋手加藤信之间展开了。不巧的是六局之中，两人的战绩均为三胜三败，于是在淘汰赛中积分成绩第一的关山利一获得了胜利，成为了第一期本因坊。沉寂两年之后，关山利一晋升为七段，随后改称号为“本因坊关山利仙”，与此同时第二期本因坊战的开赛日期也悄悄临近了。
新一期的本因坊战承袭了两年前的赛制，依旧面向全部棋士。这次吴清源再次参加了比赛，只不过因为十番棋的收官对决和筹备婚礼等事务缠身，吴清源又没有发挥出自己的正常水平，再次止步于淘汰赛。而本次决胜局的胜利者竟然是吴清源的大师兄桥本宇太郎，依照规则，他获得了挑战本因坊利仙的权利。做好了充足的准备之后，1943年桥本宇太郎正式向上一期的本因坊关山利仙提出挑战。挑战分为两盘进行，第一盘宇太郎执黑先行，至中盘获得胜利；对弈第二盘时，关山突然病倒，无法继续进行比赛，卫冕战失利，将本因坊称号奉还日本棋社。
赛后，桥本宇太郎曾对吴清源坦言说：“我从病中人手里夺得本因坊这项桂冠，实在是赢的不太踏实啊。”所以他一直想找机会跟恢复好之后的关山进行一场堂堂正正的重新争夺本因坊的比试。正巧这时候关山的关门弟子木尾原武雄得知师父是因病不能参加比赛的，所以提出由自己代替师父参赛，并表示如果自己侥幸胜了，请桥本宇太郎等关山病愈后再与之重新比试。桥本宇太郎本人是没有意见的，但日本棋院方面认为这不符合比赛规定，况且关山本人也应景奉还了本因坊的名位，所以就驳回了木尾原武雄的请求，没有让他与桥本宇太郎比试。于是桥本就名正言顺地成为了第二期本因坊，并自取名号称“本因坊昭宇”。而木尾原武雄那种血气方刚、敬爱师长的性格也传为了佳话。
转眼到了1944年，第三期本因坊战就要开赛了，时值太平洋战争时期，日本本土也被卷入了战争的漩涡，盟军的飞机整日在东京上空盘旋，似乎随时都会投射下一串炮弹。国际环境纷繁复杂，国内也人心惶惶，不仅社会动荡，连粮食供给也越来越少了。当时在日本棋院能安心下棋的棋士已经越来越少，几乎所有人都在盘算着，准备随时离开日本，因此围棋事业也很快萧条下来，整个日本棋院呈现出一片颓势。屋漏偏风连阴雨，恰在此时吴清源患上了慢性营养失调，整日病恹恹的，也不见有什么精神。就是在这种情况下，春季升段大赛还是如期举行了，拖着病体的吴清源出现了从未有过的连败局面。自从本因坊战开赛以来，吴清源就陷入了低迷期，凡是有关本因坊战的诸多比赛，都没有取得过令人满意的成绩，当然这与对手的实力、对局的环境也有一定关系，但总的来说，这一时期的吴清源一直处于发挥欠佳的状态。
第三期本因坊战的规则出现了少许变动，在低段位出线者与高段位者中进行预选淘汰赛，每八人分成一组，共四组各自进行对决，每组决出的胜者再进行循环淘汰赛，然后胜出者即获得向桥本宇太郎挑战的权利。这样的安排实际上是对以往赛制的简化，毕竟当时国际与国内环境都不太平静，长时间地进行比赛，会对棋士们的安全造成一定的威胁。在这次本因坊预选淘汰赛上，吴清源一路连胜出线,更是战胜了濑越宪作，获得了循环淘汰赛的资格，却还是无缘最后的决胜局。
而当时的国内环境已经到了不堪忍受的程度了，空袭每天都会发生，在吴清源与濑越宪作对弈时，竟然遇到了两次空袭警报。好在受到空袭侵扰的次数多了，只要一拉响警报，在场的每个人就立刻中断比赛跑进防空洞去。在最后一次警报响起众人逃离之后，炸弹正好落在离对局场桥本氏宅院不远的目黑雅叙园附近，可谓是有惊无险。而这一局，也是吴清源在战争结束之前最后的一场对局了。
当时日本国内已经是满目疮痍，即使本因坊战能继续进行下去，也没有一个稳定安静的环境来举行比赛了。比赛一直拖到1945年的7月24日，最终岩本薰成为了第三期本因坊的挑战者，对阵本因坊昭宇。比赛地点预定在广岛市内，第二局还没开始，就接到官方“危险！不许对局！”的严重警告，仓促间转移到了郊外。正在对局的第三天，原子弹在广岛被引爆，整个城市变为了废墟，就连郊外的比赛场地也受到了波及，院内屋内一片狼藉。
第三期本因坊战就是在这种险恶环境下进行的，而当时的人们已经被眼前的景象惊呆，已然没有心情再去关注对局了。